財務省が問題視しているのは大きく2つで、調剤基本料と地域支援体制加算。
調剤基本料については、処方せん集中率が高い薬局であっても調剤基本料1が算定されることについて、見直しを行うべきと指摘。処方せん集中率が高い薬局については、原則として調剤基本料1の対象から除外すべきではないかとした。仮に処方せん集中率を現行の単一医療機関のものと捉えたとしても、集中率70%超の薬局に調剤基本料2を適用した場合、医療費削減効果を機械的に計算すると400億円となると試算した。
地域支援体制加算については、調剤基本料1の薬局を対象とした地域支援体制加算1・2の要件の大幅緩和を問題視。緩和された要件自体も有効に機能しているとは言い難いとし、当該加算の制度趣旨に沿った要件になっていないのではないかと指摘。調剤基本料1対象の緩和措置の見直しとともに、「真に地域包括ケアシステムの中で地域医療に貢献する薬局を評価する観点から」、「例えば地域連携薬局の認定を受けていることを要件とすべきではないか」と提言している。調査結果を基に機械的に計算した場合、1300億円の医療費削減効果となるとした。また、処方せん集中率が高い薬局は原則として対象から除外することも提案している。

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