事務局は「令和６年度診療報酬改定に係る補てん状況の把握について（案）」を提示し、令和元年に行われた、消費税率10％への引上げに伴う診療報酬による補てん（５％～10%部分）について、令和３年度、令和４年度の状況を把握する方針を示した。なお、薬価・特定保険医療材料は、税抜きの市場実勢価格に消費税を上乗せし、個々の薬価等に反映されているため、対象としない。
補てん状況の把握方法については、現在実施中の第24回医療経済実態調査（医療機関等調査）の調査対象となっている医療機関等を対象とする。使用データは個々の医療機関等について、収入のうち診療報酬本体へ上乗せされている消費税分と、支出のうち課税経費の消費税相当額とを把握するため、以下のデータを使用する。
・ 収入のうち診療報酬本体へ上乗せされている消費税分については、レセプト情報・特定健診等情報データベースから抽出した算定回数等のデータを使用する。（令和３年度・４年度分のデータを収集）
・ 支出のうち課税経費の消費税相当額については、第24回医療経済実態調査のデータを使用する。（各医療機関における、直近の事業年度（令和３年度・４年度）のデータを収集）
個々の医療機関における補てん状況を推計し、医療経済実態調査の損益状況の集計区分と同様に、開設者別、病院機能別、入院基本料別に区分して比較する。
データの集計は令和５年12月を目途として分科会および総会に報告する。
論点として、新型コロナウイルス感染症の影響や昨今の物価高騰の影響を踏まえ、データの分析や解釈についてどのように考えるかが示された。
社会保険診療における消費税は非課税で、医療機関等が仕入れにおいて負担する消費税（控除対象外消費税）は、過去消費税導入（平成元年）・引上げ（平成９年、平成26年、令和元年）時にそれぞれ、診療報酬へ上乗せすることで補てんをしている。
令和４年度診療報酬改定においては、令和２年度の補てん状況の把握を実施し、医科・歯科・調剤全体として補てん不足となっていないことが確認されたこと、令和２年度は新型コロナウイルス感染症の影響が大きかったこと等を踏まえ、中医協において、「診療報酬の見直しは行わず、引き続き検証を行うことが適当」とされていた。
日本医師会常任理事の長島公之氏は、「２年前の補填状況把握には一般診療所の補填率は87%と、10％を超えて補填不足だったにもかかわらず、コロナ禍の特殊な状況下ということで補填の見直しは行われなかった。その際、日本医師会の委員からは令和６年度改定時にもコロナの影響は残っている可能性があり、コロナだからというだけで何もしないということにならないよう対応していただきたいと発言している。今回、補填状況を把握した結果、看過できないばらつきや補填不足が明らかになった場合には適切に補填の精緻化をしていただくようお願いしたい」と述べた。
