JACDSは「特別調剤基本料の薬局を有する開設者の体制評価（イメージ）」に対する意見」とした文書を公表した。同日、協会内で了承がとられた内容だとして、今後、早い段階で厚労省に提出したいとした。持参か、郵送かも含め「早めに手元に届くようにしたい」とした。
11月29日開催の中央社会保険医療協議会において、厚生労働省から「敷地内 薬局がひとつでもあれば開設者（グループ）に属する薬局全ての調剤基本料を一律に引き下げる」とのイメージ案が示されたとして問題視。この提案に対して強く反対するとした。
1つ目として、「薬局は本来、個別にその果たしている機能に基づき評価されるべきであり、開設者の属性により評価に差を設けるべきではない」と主張。しかし、「前回の診療報酬改定では、300薬局以上を有するグループの薬局全てに対して薬局機能とは無関係に一律の減額措置と地域支援体制加算要件の厳格化が導入され、今日に至っている」と指摘。 とりわけ地域支援体制加算については、「一定の機能を有する薬局の体制の評価」と定義されているにもかかわらず、その算定要件に調剤基本料が紐づけられ、機能や実績に応じた評価がなされていない状況だとして、「今般の中央社会保険医療協議会ではこれを解消するための議論が全くなされていない」として、そのことに「誠に遺憾」とした。
2つ目として「合理性のない懲罰的な措置」だと問題を指摘。今回の提案は、グループ内に敷地内薬局がひとつでもあればそれを理由に、当該グループの薬局全ての調剤基本料が大幅に引き下げられることが予想されるとして、「グループ全体の損益率に着目した前回の措置と比べても、何の合理性もない単なる懲罰的な措置と言わざるを得ない」とした。
３つ目として、「行政の継続性・信頼性の毀損」と指摘。敷地内薬局は、規制改革に関する閣議決定を受けて厚生労働省保険局が患者の利便のため導入した制度であり、それ自体合法的な薬局展開の一形態にすぎないとし、このような厚生労働省の施策に基づく敷地内薬局であるにもかかわらず、その存在を理由とするグループ全体の調剤基本料の引き下げは、「行政の継続性や頼性を損なう施策であるといわざるを得ない」とした。
４つ目として、「不適切・不透明な政策決定プロセス」と問題を指摘。調剤報酬を議論する中央社会保険医療協議会にチェーン展開する事業者の代表はメンバーになっていないことを問題視した。「チェーン事業者にとって死活的に重要な政策がチェーン事業者不在の場で十分な議論もないまま決定されることは政策決定プロセスとしても著しく妥性を欠き、到底納得できない」とした。
５つ目として、「医療経済実態調査に統計的なバイアス」を挙げた。調査対象薬局は1/25の無作為抽出中で行われる一方で、専門医療機関連携薬局は全数（137薬局）が調査対象となっているにもかかわらず、集計分析においては補正されたという形跡がないと指摘。このため、「平均値等においてバイアスのある集計結果となっていることが懸念される。医療経済実態調査とその集計分析は診療報酬議論の前提となるものであり、その非科学的で恣意的な取扱いは全く認めがたい事態と言わざるを得ない」とした。
