厚労省では令和元年に行われた消費税率10％への引上げに伴う診療報酬による補てん（５％～10%部分）について状況を把握する調査を行っている。薬価・特定保険医療材料は、税抜きの市場実勢価格に消費税を上乗せし、個々の薬価等に反映されているため、対象としていない。
この結果、医療機関等の消費税負担(5～10％部分)の診療報酬による補てん状況については、医科、歯科、調剤を合わせた全体の補てん率は令和３年度は104.5％、令和４年度では106.1％となっていた。また、医科全体、歯科それぞれにおいても補てん不足になっていないとした。調剤においては令和３年度から４年度にかけて改善がみられていると指摘している。
そのことから、事務局は、令和６年度診療報酬改定においては、診療報酬の上乗せ点数の見直しは行わないこととして、引き続き、消費税負担額と診療報酬の補てん状況を把握して検証を行うことを提案し、分科会で了承された。
令和４年度の補填率は医科、歯科、調剤でそれぞれ107.1%（うち病院112.8%、一般診療所94.6%）、105.4%、91.7%だった。
令和３年度では同様に、105.6%（病院113.2%、一般診療所88.9%）、103.2%、89.5%だった。
なお、支払い側委員からは調査対象の収入にはコロナ補助金が含まれていない一方、支出にはコロナ関連の経費も含まれるのではないかとの懸念も示されていた。
【診療報酬の控除対象外消費税】令和６年度には補填行わず／薬局補填率91.7％
【2023.12.06配信】厚生労働省は12月6日に中央社会保険医療協議会 診療報酬調査専門組織（医療機関等における消費税負担に関する分科会）を開き、令和６年度診療報酬改定においては上乗せ点数の見直しは行わないこととした。
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