四病院団体協議会は日本病院会、全日本病院協会、日本医療法人協会、日本精神科病院協会から成る。
「令和9年度税制改正要望の重点事項」においては、医療機関の厳しい経営環境を訴えている。医療・介護ニーズが今後さらに高まるなか頻発・激甚化する自然災害や新興感染症にも対応できる持続可能な医療提供体制の確保が必要であることに加え、医療DX やサイバーセキュリティ対策への設備・システム投資に加え、人件費、建築費、エネルギー価格をはじめとする諸物価の高騰の影響を受けていると説明。四病院団体協議会が実施した2025年度病院経営定期調査では、医業利益ベースで赤字病院の割合が 74.6％に達しており、地域医療を支える病院経営は深刻な危機に直面していると訴えている。
令和7年6月に閣議決定された「経済財政運営と改革の基本方針2025」では、高齢化による増加分に加え、経済・物価動向を踏まえた対応を行うことが明記されたと紹介。しかし、公的価格制度の下で運営される医療機関は、急激なコスト増を価格に転嫁することができず、地域医療を維持するためには診療報酬による対応に加え、税制を含めた支援策の充実が不可欠と強調している。
とりわけ、医療に係る控除対象外消費税を問題視。建物・設備や医療機器の整備、さらには日常の運営経費に含まれる消費税負担を医療機関に強いるものであり、建築費や物価の高騰も相まって、その負担は一層深刻化してい流と指摘。老朽化した施設の建替えや医療 DX への投資を阻害する大きな要因となっており、その抜本的な解決は喫緊の課題としている。
このため、四病院団体協議会では、控除対象外消費税問題の抜本的な解決を筆頭要望として、重点要望事項を取りまとめたとしている。
重点要望事項としては、控除対象外消費税問題の抜本的な解決として、社会保険診療報酬および介護報酬に係る非課税制度を見直し、病院において、仕入税額控除が適切に行われる課税制度（標準税率、軽減税率又はゼロ税率等）への改善を求めている。
そのほか、事業税関係では、 医療機関に対する事業税の非課税措置及び軽減措置の存続を求めている。
