システムの利用を希望する場合には、初期登録のため、事前に「利用開始届出」を提出する。
以下の厚労省サイトで詳細を紹介している。
https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/iryouhoken/index_00002.html
「保険医療機関等電子申請・届出等システム」へのログインが可能となる時期については今後、示すとしている。
なお、同システムのサービス開始直後は、多数の保険医療機関等からの利用開始の申し込みが集中することが想定されるため、利用開始の申し込みを考えている保険医療機関等においてはユーザID・初期パスワードの到着まで時間を要することが見込まれている。
サイトによると、電子申請が可能となる手続きの一覧は以下の通り。
1 保険医療機関の指定の変更の申請
2 保険医療機関等の指定の辞退の申出
3 保険医療機関等の指定内容の変更の届出
4 保険医療機関等の開設者の異動の届出
5 保険医療機関及び保険医療養担当規則第 11 条の 3 第 1 項に基づく報告
※5は令和 4 年 7 月から利用できるよう準備中
これまで紙ベースでやりとりしていたものが、受領済みの連絡もシステム画面上で確認でき、不備による返戻の際もシステム画面上で確認、修正し申請できる。

【薬局の地方厚生局への申請・届出】一部電子申請開始/ログイン可能時期は今後連絡
【2022.04.05配信】厚生労働省は令和4月3月31日から、「保険医療機関等電子申請・届出等システム」の運用を開始する。これにより保険医療機関や薬局等から地方厚生(支)局への申請・届出のうち、これまで書面による提出を必要としていたものの一部については、このシステムの活用により電子申請を行うことが可能となる。
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